~/.profile
запускается рано в последовательности входа в систему. Если среда рабочего стола настраивает раскладку клавиатуры, она может перезаписать только что загруженные настройки.
Поместите ваши настройки в файл с именем ~/.Xmodmap
:
keysym Delete = Menu keysym Menu = Delete
В среде Gnome по умолчанию в Ubuntu 10.04 при следующем входе в систему вам будет предложено загрузить ~/.Xmodmap
. Загрузите его и отметьте «не спрашивайте меня снова». Тогда ваш .Xmodmap
будет применен после настроек по умолчанию.