Почему процесс убит? Когда вы подключаетесь, ваш bash по умолчанию запускается. Теперь, когда вы запускаете процесс, они являются подпроцессами bash. Если соединение закрывается, bash и все его подпроцессы завершаются.
Решение: использовать screen. Запустите screenи начните процесс сборки. Если у вас отключение, все, что запускается после экрана, продолжится. Если вы переподключитесь через ssh и запустите screen -RD, вы вернетесь к своему сеансу и увидите процесс.
VNC передает только экран и управление мышью / клавиатурой в вашу систему. Все процессы работают так, как если бы вы сидели перед этой системой.