Проверьте ярлык в меню. Я не знаю, как это сделать в JVM, попробуйте щелкнуть правой кнопкой мыши пункт меню, затем нажмите «Свойства». Если это не работает, перетащите его на рабочий стол и щелкните правой кнопкой мыши там + Свойства (это определенно работает в GNOME). В худшем случае откройте файл .desktop в текстовом редакторе.
Найдите поле с именем «Command» или что-то подобное (это «Exec» в файле .desktop). Когда вы щелкнете по пункту меню, он выполнит эту команду. Если это то же самое, что вы пытаетесь с терминала, попробуйте установить флажок «Запустить на терминале» (или установить Terminal=trueв файле .desktop). Если нет, измените команду на ту, которая работает для вас. Вы также можете проверить рабочий каталог.