Почему вы не должны удалять каталог «как если бы это был файл», если он не пустой, кажется довольно очевидным: тогда файлы в этом каталоге не будут иметь правильный путь. Это объясняет, почему вам нужно либо удалить рекурсивно ( -r), либо проверить, что каталог пуст перед удалением ( rmdirили, в некоторых ветвях Unix, rm -d).
Согласно Википедии со ссылкой на справочную страницу Unix 8 rm, в некоторых старых версиях Unix rmкоманда удаляла каталоги, если бы они были пустыми, поэтому это скорее выбор взаимодействия с пользователем некоторых версий Unix, чем требование.