Разница между ними, скорее всего, заключается в том, что установка Linux ожидает, что аппаратные часы будут установлены в UTC, в то время как Windows ожидает, что они будут установлены на местное время. Я предполагаю, что ваше местное время - восток США. Вы можете изменить любую ОС, но я предпочитаю указывать Windows на соответствие * nix стандартам. Из командной строки с повышенными привилегиями в Windows:
reg add "HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Control\TimeZoneInformation" /v RealTimeIsUniversal /d 1 /t REG_DWORD /f
Конечно, убедитесь, что аппаратные часы настроены на UTC.