Оказывается, что Wine на самом деле не слушает, какие отображения я установил в ОС (используя системные настройки), а скорее смотрит на xkb. Это имеет смысл, я просто не думал об этом сначала.
Тем не менее, я могу принудительно настроить отображение в США, что в некоторой степени решит мою проблему, однако тогда я не смогу использовать макет SE. Итак, я обнаружил, что могу использовать несколько макетов как таковых:
setxkbmap -layout "us,se"
Это сработало для меня, теперь я могу использовать макеты также в monodevelop.