Вы проверили группу, назначенную для загруженных файлов? Владельцем веб-сервера обычно является «пользователь», но в группу обычно входит идентификатор пользователя оболочки. У вас все еще будет эта проблема с FTP, но тогда ваш сервер будет широко открыт для злоупотреблений.
Если вы находитесь в группе, просто убедитесь, что загруженные файлы получают правильные разрешения при загрузке.
Joomla, действительно, будет использовать PHP для загрузки, потому что загруженные файлы являются локальными для себя, ей не нужно или не нужно использовать SFTP или любой другой удаленный механизм. Прошло много времени с тех пор, как я использовал Joomla, но я думаю, что если вы перейдете к:
Site -> Global Configuration -> Server tab В администраторе Joomla вы сможете изменить разрешения по умолчанию для загрузки файлов.