Предполагая, что у вас последняя версия Windows ... Я бы разбил это на два шага.
CD к "Библиотеке" и ...
Удалить файлы в папках без электронных книг:
for /f "delims=" %F in ('dir /s/b/a-d *.opf') do dir /b "%~pF*.pdf" "%~pF*.epub" "%~pF*.mobi" || del "%~pF*.*"
(Если вам нужно удалить много файлов, добавьте параметр / q, чтобы запретить вывод запросов)
Рекурсивно удалить пустые каталоги в Windows :
for /f "delims=" %D in ('dir /s/b/ad ^| sort /r') do rd "%D"