Я думаю, я узнал, почему из вики PDF / A :
Прозрачные объекты и слои (необязательные группы содержимого) запрещены в PDF / A-1, но разрешены в PDF / A-2.
По какой-то глупой причине каменного века PDF / A-1 НЕ поддерживает прозрачность и слои. В Word нет опции PDF / A-2, так что ... я сохраняю сейчас как несовместимый с PDF / A.