Кажется, у меня нет настройки, о которой упоминает Шон, но я смог выполнить эту работу, открыв /usr/lib/slack/resources/app.asar.unpacked/src/static
каталог, сделав копию slack-taskbar-rest.png
файла и переименовав его, slack-taskbar-unread.png
чтобы перезаписать версию с синей точкой.
конечно, это избавляет от синей точки для всех команд, но это то, что я хотел.