Я предполагаю, что ваша Aptana Studio не работает с теми же привилегиями, что и те, которые используются для подключения сетевого диска.
В настоящее время у меня есть 2 сопоставленных сетевых ресурса. Один из них - библиотека SharePoint, а второй - общий файловый ресурс. Я сопоставил оба с использованием моих учетных данных учетной записи пользователя домена. При открытии Aptana Studio оба сопоставленных местоположения отображаются хорошо и доступны.
Когда я запускаю свою Aptana Studio «как администратор», я сразу получаю описанную вами ситуацию (оба сопоставленных сетевых местоположения показаны красным «X» и недоступны).
Поэтому я бы предположил, что вам нужно либо настроить сопоставления общих сетевых ресурсов, либо учетную запись пользователя, под которым вы запускаете Aptana Studio.