clockdiff обеспечивает разрешение 1 мс, и на его странице руководства не упоминаются попытки учесть задержку и дрожание сети.
ntpqявляется частью, ntpи я считаю, что способен работать с наносекундным разрешением. Что еще более важно ntpимеет хорошо отточенные и сложные алгоритмы для работы с задержкой и джиттером.
Конечно, мало кому понадобится разрешение лучше миллисекунды.