Clonezilla использует отдельную подпись. В руководстве GPG есть параграф об отдельных сигнатурах, в котором показано, как их создавать и как их проверять.
Правильная командная строка для проверки таких подписей gpg --verify ./CHECKSUMS.TXT.gpg ./CHECKSUMS.TXT
.
Я никогда прежде не видел gpg --verify --keyring ./CHECKSUMS.TXT.gpg ./CHECKSUMS.TXT
строку, которая пытается проверить подписанный файл (содержащий как подпись, так и исходный документ) ./CHECKSUMS.txt
при добавлении ключей в ./CHECKSUMS.TXT.gpg
связку ключей.