Мне удалось решить это самому:
sudo iptables -t nat -A PREROUTING -m mac --mac-source "MAC-ADDRESS" -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 33128
Squid работает на порту 33128. Мне пришлось написать это в squid.conf, чтобы прозрачный прокси работал правильно:
http_port 33128 transparent