Что-то, возможно, сценарии обеспечения Vagrant, намеренно создает каталог, чтобы исходные правила udev не могли создавать файл и помещать туда автоматические правила.
(Вспомните, что Debian генерирует 70-постоянную сеть, так что имена интерфейсов назначаются по MAC-адресу, что, вероятно, было сочтено неподходящим для временных виртуальных машин с динамическими MAC-адресами при каждой перезагрузке.)
Конечно, лучшим решением было бы удалить сценарии, которые генерируют этот файл для начала, но это потребовало бы работы ...
В то же время вы можете просто использовать другое имя, например 71-persistent-net.rules, для своих собственных правил.