Проще всего было бы сделать новую SD-карту с обновленной Ubuntu Mate и скопировать все ваши пользовательские данные с помощью устройства чтения SD-карт. Предположительно просто дом Пи:
/home/pi
Если у вас есть только система Windows, и вы не можете прочитать эту SD-карту, просто возьмите вторую SD-карту, поместите обновленный образ на нее, вставьте ее в RPi и используйте устройство чтения SD-карт с портами USB на RPi.