duсчитает размеры на основе блоков, используемых в файловой системе, так как именно здесь важно пространство. Диалоговое окно свойств, вероятно, подсчитывает общее количество файлов (на основе байтов), так что вы можете оценить, сколько места требуется в «любой» файловой системе.
Поскольку блоки содержат много байтов, а частично заполненные блоки учитывают столько же, сколько полные блоки (для du), их итоговые значения обычно больше, чем то, что вы получаете, основываясь только на количестве байтов.