Проблема не в RDESKTOP и не в Windows. Это связано с тем, как Linux (и другие ОС) работают со съемными носителями. Предполагается, что они будут удалены безопасно, а затем отключены, чтобы убедиться, что только что записанные данные были синхронизированы.
Что вы можете сделать, так это сообщить вашей системе, чтобы они чаще выполняли эти «синхронизации».
Вы можете написать демон C, который сделает это за вас. Или вы можете покопаться в настройках модуля ядра и указать не использовать write-cache.