Мне не удалось заставить этот сценарий работать.
Тем не менее, решение состоит в том, чтобы использовать параметр --relative самого rsync.
rsync -a --relative /new/x/y/z/ user@remote:/pre_existing/dir/
Как описано в этом ответе: https://stackoverflow.com/a/22908437/6505678