После того, как вы установили Perl, вы можете запустить любой скрипт в командной строке следующим образом:
perl path/to/script.pl
или, для пользователя:
perl -e 'the instruction' path\to\inputfile > path\to\outputfile
В вашем случае вы должны прочитать файл и записать результат в другой файл:
perl -ane "while(/\bIpsum\b/g){$i++;s/\bIpsum\b/$&$i/};print" inputfile > outputfile
Если вы хотите заменить на месте (то есть заменить файл):
perl -i.back -ane "while(/\bIpsum\b/g){$i++;s/\bIpsum\b/$&$i/};print" inputfile
Это создаст резервную копию original
файла в original.back
DON'T RUN TWICE без возврата исходного файла.
Вы найдете полезную информацию на Perldoc