По-видимому, «Свойства документа» не самый точный способ определить, все ли шрифты внедрены. Чтобы знать наверняка, используйте инструмент «Предварительная проверка» («Инструменты» -> «Печать» -> «Предварительная проверка»), который может проверять наличие встроенных шрифтов.
В моем случае Preflight указал, что все шрифты были встроены (несмотря на то, что сказано в Свойствах документа), и мой издатель подтвердил, что в PDF встроены все шрифты.