Вы можете использовать find, например:
find . -name hashes.md5 -execdir md5sum --quiet --check hashes.md5 \; > logfile
Это будет искать файлы с именем "hashes.md5", затем перейдите в каталог найденного файла и выполните md5sum. --Quiet говорит md5sum не печатать ничего, если файл в порядке, только если это не так
Изменить: я не знаю, если найти будет использовать 8 процессоров, вероятно, нет. Вы можете запустить несколько экземпляров find, каждый из которых работает с различным набором подпапок.