Я столкнулся с точно такой же проблемой только с одним файлом! Моя проблема заключалась в том, что этот конкретный файл существовал как как строчные, так и прописные части. Я решил свою проблему, скопировав файл с заглавными буквами с тем же именем, просто добавив 2 к имени файла так:
xt_CONNMARK.ko (указан дважды с тем же индексом) скопирован в xt_CONNMARK2.ko
теперь xt_CONNMARK.ko указан один раз вместе с вновь скопированным файлом, xt_CONNMARK2.ko также указан один раз!
Очень очень странное поведение, но решаемо?