Я думаю, что вы хотите, программа, как fslint, fdupes, duff, rdfindнайти дубликаты, а затем освободить дублированный дисковое пространство со ссылками.
Вы можете взять список дубликатов из одной из этих утилит и создать свои собственные ссылки и файлы, или ...
rdfind имеет эту опцию, которая звучит как то, что вы ищете:
-makehardlinks true|false Replace duplicate files with hard links И, безусловно, сначала создайте хорошую резервную копию, и найдите варианты «пробного запуска / симуляции» (например, «-n -dryrun» в rdfind)