Я думаю, что вы могли бы создать раздел Gentoo, смонтировать его где-нибудь в файловой системе, чтобы вы могли получить к нему доступ во время работы Ubuntu, затем chroot
к нему и выполнить компиляцию в среде chroot. Это в основном то, что вы делаете как часть установки Gentoo в любом случае. (Установочный диск - это не что иное, как минимальный Gentoo LiveCD, который вы используете для настройки рабочей среды, чтобы вы могли загружать файлы.)
На самом деле вам даже не нужен установочный диск Gentoo, поскольку у вас уже есть работающая среда Linux. Посмотрите альтернативные инструкции по установке и прокрутите вниз до раздела 5 «Установка Gentoo из существующего дистрибутива Linux».