Средняя нагрузка не показывает точно, сколько приложений используют процессор.
Процессор может подождать диск, он может потратить время на выполнение задач, связанных с ядром, или может быть серьезно прерван действием, например нажатием клавиши, или он может быть некоторое время украден гипервизором на виртуальной машине.
Возможно, atop будет лучшим инструментом для мониторинга вашей системы, чем htop.