Конвертируя обратно из PDF в TIF или JPG, конечный файл отображается на экране с теми же цветами, что и исходный, так что я думаю, что это действительно проблема рендеринга.
Лучшим ответом было бы понимание того, почему программы просмотра изображений и программы просмотра PDF следуют различным соглашениям, а также подтверждение или утверждение о том, что такие соглашения применяются всеми или большинством программ. Сейчас нет времени копать дальше, но для записей PDF спецификации PDF (раздел 8.6 Цветовые пространства, стр. 138), вероятно, могут помочь.