Попробуйте использовать исключающий файл, содержащий строки:
*.msh *.geo
Команда может выглядеть так:
tar -czvf cont.gz -X exclude-files.txt run-1/*
Вы также можете использовать find
команду для создания списка исключаемых файлов, но это хорошо работает только для небольшого количества файлов.