Сборка с make, возможно, на нескольких ядрах, очевидно, будет использовать много ЦП, поэтому неудивительно, что они сильно нагреваются.
В ноутбуках проектным процессорам разрешается нагреваться в течение короткого времени, но затем их необходимо снизить, чтобы охладить. Обоснование заключается в том, что в большинстве случаев использования ноутбуков требуются только короткие всплески активности процессора, с большими паузами между ними, чтобы процессор снова мог остыть.
Если ваш ноутбук переходит в аварийное отключение (я не совсем уверен из вашего описания), вам нужен демон, который контролирует температуру процессора и регулирует его, пока он не нагрелся. Их несколько, но я не знаком с CentOS, поэтому не могу сказать, какие у вас. Посмотрите на то, как thermald, cpupower, или cpufreqd.