Похоже, что Thunderbird по умолчанию не синхронизирует ненужные или ненужные папки (проверены последние стабильные и бета-версии в Windows 10). Решением было включить папку нежелательной почты в настройки синхронизации сообщений (настройки автономного использования).
Инструменты> Настройки учетной записи> Синхронизация и хранение> Дополнительно> Выбрать папку нежелательной почты.