Лучший способ справиться с этим - менять имена файлов javascript при каждом их изменении. Тогда не имеет значения, кэшируются ли они. Альтернативой является создание фильтра для установки заголовка элемента управления кэшем.
Я видел такие вопросы о stackoverflow и serverfault - возможно, это хорошая идея для поиска там. Кажется, больше подходит для этих сайтов.