Вот что сделало это для меня:
cd
в~/.config/gtk-3.0
(создайте его, если его там нет)touch gtk.css
или добавить,gtk.css
если он уже существуетВ вашем любимом текстовом редакторе добавьте следующее:
.window-frame
Сохраните его, выйдите из системы, войдите в i3wm, и все будет хорошо.