Исправлено отключением selection
расширения Perl.
Я был в заблуждении, -pe ""
что отключил бы все расширения (кажется, я где-то читал это), но это не так.
На самом деле я не уверен, как именно отключить все расширения Perl, но вот как это сделать selection
:
urxvt -pe "-selection"
И вот как я сделал это с помощью X ресурсов:
URxvt.perl-ext: default,-selection
Теперь, тройной щелчок всегда выбирает линии.