Скорее всего, вам не хватает некоторых этапов настройки: последовательный порт имеет некоторые параметры (скорость в бодах, длина битов, количество стоп-битов, четность, управление потоком), которые необходимо установить на правильные значения.
Я подозреваю, что вы не устанавливаете их вообще, в результате чего ваши записи не могут быть прочитаны устройством. Затем «стороннее программное обеспечение» устанавливает их, в результате чего дальнейшие записи становятся читаемыми.
Проверьте mode
команду, она может вам помочь.