Для преобразования в / из различных концов строки существуют программы, называемые unix2dos
/ dos2unix
или todos
/ fromdos
.
Чтобы удалить лишние пробелы в конце строки, которую вы можете использовать sed s/[ \t]*$//
(выполните этот шаг после исправления концов строки).