µTorrent имеет флажок на экране «Добавить торрент», который позволяет создавать новую папку для торрента. Я считаю, что его состояние сохраняется после перезапусков.
Убедитесь, что вы установили этот флажок при добавлении нового торрента.
Я отредактирую этот ответ, когда вернусь домой, чтобы добавить скриншот.