У Microsoft есть статья о восстановлении параметров безопасности по умолчанию, включая разрешения файловой системы NTFS. На странице также есть инструмент, который вы можете загрузить, чтобы упростить процесс. Microsoft рекомендует сделать резервную копию перед использованием этого на случай, если это приведет к нежелательным последствиям.
Существует также инструмент SubInACL, предоставленный Microsoft, и отличный пост в блоге о том, как восстановить разрешения с помощью этого подхода.