В конце концов, решение было довольно простым, но совершенно неинтуитивным.
Открытие Менеджера репозитория в v6.1 дало мне сообщение об ошибке, что мой файл repositories.xml поврежден.
Помогло его открыть в приличном редакторе (Sublime Text) и сохранить в кодировке utf-8. После этого при повторном запуске Spoon вернется выпадающий список Repository, и я смог подключиться к своим репозиториям.
Это все еще ошибка, поскольку, как только менеджер репозитория пишет в repositories.xml, файл становится поврежденным.