Совет по Microsoft в основном для работы в качестве администратора: sfc /scannow
.
Вероятно, это вызвано тем, что одна из ваших установок уничтожает системные файлы. Поэтому я советую устанавливать только те программы, которые вам абсолютно необходимы и в которых вы уверены.
А что касается .NET Framework, я бы предложил установить только версию 3.5 SP1. Это установит все версии начиная с 2.0, и вряд ли вам понадобится 1.1.