Скорее всего, это было исправлено Исааком Дули в FFmpeg с коммитом 469a65b, исправляющим ошибку # 1738 x11grab BadCursor . Вам придется скомпилировать ffmpeg, так как статические сборки не включают поддержку x11grab. Для всех поддерживаемых версий Ubuntu имеется простое руководство по компиляции по адресу: Компиляция FFmpeg в Ubuntu .
avconv не содержит этого исправления (и многих других), так как libav игнорирует большую часть активности FFmpeg.
Также см. HOWTO: Правильная демонстрация экрана в Linux .