Я думаю, что Cygwin / X и Xming использовали один и тот же код. Тем не менее, каждый начал свои собственные улучшения, как только они разделены.
Разница между версиями 2007 и 2012 годов должна быть очевидной.
Я предлагаю Cygwin / X поверх Xming, поскольку Xming не является бесплатным и не настраивается.