использовать lsof -p $PID
и найти дескриптор файла (4-й столбец)
root@blah:~# lsof -p 1737 | grep "(deleted)" apache2 1737 root 6w REG 0,25 0 207401 (deleted)/var/log/apache2/other_vhosts_access.log
4-й столбец - 6w, означающий дескриптор файла 6, и он был открыт для записи (w).
Затем:
gdb -p $PID p close($FD)
например:
gdb -p 1737 ..... (gdb) p close(6) $1 = 0 ... Quit anyway? (y or n) y Detaching from program: /usr/lib/apache2/mpm-prefork/apache2, process 1737