Удалить ~
из горячей клавиши:
!#Enter:: IfWinExist, Media Player Classic { WinActivate Send } Return
Значение ~
(выделение добавлено):
Когда горячая клавиша срабатывает, встроенная функция ее клавиши не блокируется (скрыта от системы).
В общем, вы попросили AHK передать оригинальную горячую клавишу дальше.