Да, контент, который проходит через узлы tor, зашифрован, но не зашифрован за пределами узлов tor. За пределами узлов tor SSL должен быть включен.
В любом случае, если сайт использует SSL, он должен быть зашифрован и недоступен для просмотра узлам, даже если он не был зашифрован.