Zcat | head: ошибка записи из большого файла gz

3455
Carmen Sandoval

Я пытался zcat, чтобы получить только первые 1M строк сжатого файла .gzip в новый.

Однако я получаю следующую ошибку:

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest head: write error: Input/output error

Я почувствовал облегчение, когда нашел эту тему и попытался:

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

Но я снова получаю ту же ошибку!

head: write error: Input/output error

Кто-нибудь знает, что может происходить и как это исправить?

Спасибо! Кармен

Редактировать>

По запросу я набрал следующее после получения ошибки

tail /var/log/syslog

и получил 

tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory
2
Сама команда верна. Сразу после получения ошибки выполните `tail / var / log / syslog` и отредактируйте результат в своем вопросе. Dennis 11 лет назад 2
Готово! :) Я получил `tail: не могу открыть '/ var / log / syslog' для чтения: нет такого файла или каталога` Carmen Sandoval 11 лет назад 0
Ну, это оказалось не особенно полезным ... Какой дистрибутив Linux вы используете? Dennis 11 лет назад 0
Red Hat Enterprise Linux Server, выпуск 6.3 (Сантьяго) Carmen Sandoval 11 лет назад 0

3 ответа на вопрос

0
pqnet

это не похоже на проблему с zcat / gunzip. Можете ли вы создать файл и записать в него?

Попробуй это:

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq
`hexdump / dev / urandom | head -n 100> R2_test.fq` Я получаю это: `head: ошибка записи: ошибка ввода / вывода` Carmen Sandoval 11 лет назад 0
тогда вы, вероятно, не можете записать в файл R2_test.fq. Попробуйте это из каталога, где у вас есть права на запись. pqnet 11 лет назад 0
pqnet, у меня есть доступ к папке, в которую я пытаюсь записать файл. Carmen Sandoval 11 лет назад 0
0
Jim Salter

Пожалуйста, попробуйте опубликовать результаты:

head -n 10 /proc/cpuinfo

echo test | gzip -3 | zcat

echo test > R2.fqtest

Цель здесь - сначала проверить правильность работы head, затем правильную работу zcat, а затем способность успешно писать R2.fqtest.

Поскольку вы заявляете, что все работает, как ожидалось, до попытки записи в R2.fqtest, который не выдает ошибку, но также не показывает записанные вами данные, есть что-то странное с этим файлом или базовой файловой системой. Другой процесс записывает, блокирует или вращает этот файл? Как выглядит строка fstab для рассматриваемой файловой системы? Можете ли вы размонтировать и fsck рассматриваемой файловой системы? Вы видите ошибки в журналах с физического диска, лежащего в основе этой файловой системы?

Спасибо, Джим: Выходные данные `head -n 10 / proc / cpuinfo`:` процессор: 0 vendor_id: семейство процессоров GenuineIntel: 6 модель: 45 название модели: Intel (R) Xeon (R) CPU E5-2665 0 @ Степпинг 2,40 ГГц: 7 ЦП МГц: 1200 000 Размер кэша: 20480 КБ Физический идентификатор: 0 братьев и сестер: 16`; `эхо-тест | gzip -3 | zcat` возвращает `test`, как и ожидалось; и `echo test> R2.fqtest` не возвращает ошибку, но если я открою R2.fqtest, там ничего нет ... Carmen Sandoval 11 лет назад 0
(Примечание: новое редактирование также принадлежит мне; я не осознавал, что не вошел в систему, пока не отправил сообщение!) Jim Salter 11 лет назад 0
0
Carmen Sandoval

So, it turns out this is a problem of not having enough disk space!

Thanks, eveyone!

Carmen

Похожие вопросы