Вам нужно удвоить знак процента, чтобы избежать его в пакетном скрипте.
команда
Copy "C:\first%%20second.png" "C:\sub\first%%20second.png"
Дополнительные ресурсы
Escape-символы, разделители и цитаты
Уходящие проценты
Символ
%
имеет особое значение для параметров командной строки и параметров FOR.Чтобы рассматривать процент как обычный символ, удвойте его:
%%