Я бы пошел на Framemaker.
Он намного лучше поддерживает такие вещи, как ссылки, индексы и оглавление. Конечно, вы можете сделать это и в InDesign, но с Framemaker это намного проще.
InDesign создан для «творческих» документов, таких как журналы, газеты или книги. Основное назначение Framemaker - это технические документы, подобные тем, которые вы описали.