Я не rsyncочень хорошо знаю, но если под «снимками» вы подразумеваете снимки Btrfs (взятые с btrfs subvolume snapshot …), то идентичные файлы в двух снимках не имеют жесткой связи.
Возможно, они разделяют пространство на (физическом) устройстве из-за поведения Btrfs при копировании при записи; их номера инодов одинаковы, но они логически существуют на разных устройствах. В этом контексте каждый подобъем Btrfs должен рассматриваться как отдельная файловая система.
Если вы можете, проверьте файлы, принадлежащие к различным снимкам stat. Вы увидите, что они сообщают разные идентификаторы устройства. Одинаковые номера инодов на разных устройствах ничего не значат.
По этой причине rsyncне имеет простой подсказки, что файлы «должны» быть жестко связаны. Во -первых, они не связаны жесткими ссылками в вашем «каталоге моментальных снимков».
Я считаю, btrfs sendи btrfs receiveесть инструменты для репликации иерархии снимков на другом компьютере (с файловой системой Btrfs). Я никогда не использовал их, поэтому я не могу направлять вас. Учись man btrfs-sendи man btrfs-receive.