У меня тоже была эта пробема. Это происходило из-за того, что директория, в которой должны сохраняться быстрые метки, не существовала. Чтобы выяснить, где это находится в вашей системе, выполните команду pentadactyl:
:js alert(storage.infoPath.path) Просто создайте эту папку, и быстрые оценки должны стать постоянными.
Например, на Linux
mkdir -p ~/.pentadactyl/info/default на окнах
mkdir %USERPROFILE%\pentadactyl\info\default