Поскольку я не являюсь разработчиком CCleaner, я не могу дать вам точную информацию о том, как они могут справиться с этим, но в общих чертах в разделе:
32bit:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
64 бит:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
будет содержать «отключенные» записи автозагрузки.